欧洲

原生于班达群岛的肉豆蔻，曾为世界上最具价值的商品。欧洲因而将殖民势力带入印度尼西亚。印度尼西亚人与欧洲人首次正规接触始于1512年，由佛朗西斯科·施兰（Francisco Serrão）带领葡萄牙商人寻找并垄断摩鹿加群岛上的肉豆蔻、丁香及荜澄茄等资源，随后荷兰及英国商人也到印度尼西亚。荷兰于1602年成立荷兰东印度公司，并成为欧洲位于印度尼西亚的主要势力，曾遭遇破产及印度尼西亚人民武装抗争，东印度公司于1800年解散，荷兰政府则成立荷属东印度接管印度尼西亚殖民地。
在多数殖民统治期间，荷兰在海岸堡垒以外的控制力相当薄弱，直到20世纪初期荷兰统治范围才扩张至今日印度尼西亚的版图。第一次世界大战完结之后，当地人开始争取自治。虽然在印度尼西亚独立战争时内部政治、社会、宗派分歧，但印度尼西亚人团结一致争取独立。
第二次世界大战中的印度尼西亚日治时期结束了荷兰统治，鼓舞了先前被压抑的印度尼西亚独立运动。最初日本推行“三亚运动”，但并未获得认同而告失败；转而拉拢国族主义及伊斯兰力量。日本训练了年轻人武装，成为在独立战争中的军事力量，领袖在此时期也得以深入人群而建立联系，均对后来独立运动有所影响，但战后联合国报告指出在日本统治时期有400万人因饥荒及强制劳动而死亡。